کمیسیون موضوع تبصره ۲ ماده ۹۹ قانون شهرداری ها از جمله مراجع شبه قضایی است که با ترکیبی از نمایندگان وزارت کشور، قوّه قضائیه و وزارت مسکن و شهرسازی در استانداری تشکیل شده و به تخلفات ساختمانی ارتکابی در خارج از محدوده قانونی و حریم شهرها رسیدگی می نماید. مطابق تبصره مزبور «به منظور جلوگیری از ساختوسازهای غیرمجاز در خارج از حریم مصوب شهرها و نحوه رسیدگی به موارد تخلف، کمیسیونی مرکب از نمایندگان وزارت کشور، قوّه قضائیه و وزارت مسکن و شهرسازی در استانداریها تشکیل خواهد شد کمیسیون مذکور از جمله مراجع شبه قضایی محسوب شده فلذا آرای صادره از آن، به موجب بند ۲ ماده ۱۰ قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری قابل اعتراض در دیوان عدالت اداری است».
نظربه این که در راستای تبصره ۲ ماده ۱۶ قانون دیوان عدالت اداری مهلت اعتراض به آرای مذکور سه ماه قیدشده است، ملاحظه می گردد اعتراض به آرای صادره از کمیسون ماده ۹۹ به طرفیت شهرداری مطرح و بالتبع این امر به استناد بند پ ماده ۵۳ قانون مذکور منجر به صدور قرار رد شکایت از شعب دیوان نسبت به دادخواست¬های مطروحه می شود . فلذا با توجه به رعایت مهلت مندرج در تبصره مذکورودر راستای پیشگیری از ورود پرونده¬های مضاعف به دیوان عدالت ادرای، حفظ حقوق ذینفعان و جلوگیری از هدررفت بیت المال معاون حقوقی، پیشگیری و پژوهش دیوان عدالت اداری طی مکاتبه ای به مدیر عامل کانون دفاتر خدمات الکترونیک قضایی اعلام کرد موضوع را به دفاتر خدمات الکترونیک قضایی ابلاغ تا نسبت به اقناع حقوقی شهروندان مبنی براین که « اعتراض به آرای صادره از کمیسیون ماده ۹۹ شهرداری ها می بایست به طرفیت استانداری ها مطرح گردد »، اقدامات لازم صورت گیرد.